Jonatan Godtrogens underbara äventyr berättar en saga om en pojke som blir strandsatt på en främmande ö efter att ha blivit svept ut till havs i en storm. Jonatan hade tidigare levt i ett relativt fritt samhälle, och i detta nya märkliga land får han sig en kulturkrock då han lär sig om öbornas förbryllande lagar och traditioner. Berättelsen visar på lagarnas absurditet, kontrollerna som blir påtvingade människors liv, och de ekonomiska nackdelarna av dessa lagar.
Lagarna som blir belysta känns igen som vanliga lagar i många länder runt om i världen. Eftersom sagan utvecklas så introduceras för diskussion den roll som individer i samhället spelar i politisk beslutsfattande och personligt ansvar.